用棉秆栽培双孢菇、香菇、木耳、银耳、金针菇、竹荪等木腐菌类食用菌，营养成分比较丰富，与玉米秸、麦秸、稻草相比，其粗蛋白含量z高可达6.5%，且粗纤维含量高，也是栽培食用菌的优质原料。我国的棉花产量约占世界的1/4，不少地区都是棉花主产区，利用原料广泛的棉秆、棉籽壳栽培双孢菇等食用菌，既可节约大量木材，还可使棉花附加值得到极大提高，是棉花产区大量棉秆资源得到转化利用的新门路。这里介绍利用棉秆栽培双孢菇的主要技术：
　　一、棉秆加工。采用截断、粉碎等破碎设备（使用中小型玉米芯粉碎机即可），将棉秆加工成长10厘米左右、片段状的碎料。加工的时间z好以12月前后为宜，因这时收获后的棉秆还比较潮湿，内部含水量在40%左右，加工的棉秆合格率可达98%以上。如棉秆放置时间长，太干燥，需要喷水后再加工，这样不仅会产生大量粉尘、颗粒、棒状料，影响培养料的质量，还会增加人工等栽培成本。
　　二、优质配方。因棉秆营养成分、硬度与麦秸、稻草有很大差别，不能照搬麦秸、稻草栽培双孢菇的配方，应结合双孢菇正常生长的营养要求和棉秆的营养特点，尽可能为双孢菇的快速、健壮生长提供z佳的、营养成分俱全的培养料。生产实践证明，用棉秆栽培双孢菇每100平方米的优质培养料配方为：棉秆2000kg，牛粪1500kg、饼肥(棉籽饼、菜籽饼、豆饼、花生饼均可)100kg、尿素5kg、碳酸氢铵8kg、过磷酸钙10kg、石膏30kg、生石灰40kg。
　　三、配料预湿。粪肥提前2～3天预湿。棉秆因组织致密、吸水慢和吃水量小等原因，预湿也是必要的，若水分过小易发生“烧堆”。预湿方法：挖一沟槽，内衬塑料薄膜，然后往沟里放水，添加水量1%的生石灰。然后把棉秆放入沟内水中，并不断拍打，浸泡1～2小时，待吸足水后捞出。检查棉秆吃透水的方法是抽出几根长棉秆用手掰断，以无白心为宜。
　　四、分层堆料。堆料前先铺一层棉秆，约30厘米厚，堆宽2米，长度视料量而定。然后在上面铺一层粪肥，以盖没棉秆层为度，粪肥上再铺30厘米厚的棉秆，上面再撒一层粪肥。这样一层棉秆一层粪肥，按次序往上堆叠，直到料堆高达1.5米为止。饼肥和尿素一般在中间层加入，下层不加，上面几层仅加碳酸氢铵。溶于水的配料要随水使用，以利充分发酵和吸收。堆料时注意料堆四周是否垂直、整齐、密实。顶部用碎料压实做成弧形，堆顶覆盖草苫防晒。下雨时盖薄膜，防止雨水淋入料内，雨后及时揭去薄膜，以利通气发酵。由于棉秆吃水能力低，透气性好，加上太阳的幅射，升温快，料堆表层温度极易升到80℃。实际上发酵需要的是不同温型微生物的协同作用，整堆料升温过快、过高，并不利于种群的调整和发酵的进行，所以料堆方向以南北为宜。
　　五、翻堆发酵。建堆后6天进行第一次翻堆。翻堆时分层加入过磷酸钙和一半石膏粉，并浇水调湿到料内有水流出。第二次翻堆在第一次翻堆后5天进行，翻堆时再加入另一半石膏粉。前两次翻堆时z关键是注意料堆的含水量。由于棉秆吸水慢、吃水量小，蒸发散失水分快。因此，借翻堆的机会补水是保证棉秆发酵优良的重要措施。缺水的外观表现为白点层过密过深甚至达到料堆的底部、棉秆色浅。前两次补水，要用大水量，每次补水补到有少量水流出为止。第三次翻堆在第二次翻堆后4天进行，加入石灰粉使料的pH值达7.5。第三次翻堆后4天进行第四次翻堆，第四次翻堆后3天进行第五次翻堆，此时料堆宽、高不变，长度缩短。当料堆的表面积减少，不再补充水分。培养料发酵好后3天即可进棚，发酵总时长20～25天。发酵好的培养料，棉秆呈深咖啡色，有发酵香味，无臭味、无氨味，含水量在62%左右，与牛粪混合均匀，PH值在7～7.5。若采用二次发酵，对处于床架上蒸发失水的培养料要补充水分后再播种。
　　六、覆土浇水。需覆厚土和重浇出菇水。因为利用棉秆栽培双孢菇，对双孢菇的品种和栽培季节没有特殊要求，和传统利用稻草、麦秸等栽培双孢菇技术基本是一致的，主要步骤还是铺料、接种、发菌、覆土、出菇、采收等。栽培模式一般仍采用地面床栽或层架式床栽。当菌丝长至接近料底部时可以覆土，但由于菌丝在以棉秆为主料的培养料上生长特别旺盛，需覆厚土才能将菌丝生长优势转变为出菇优势。覆土厚4厘米为宜，可采用一次覆土法，覆土后把土层调到手搓成团又不粘手的程度。在棚温15℃左右时，5天内菌丝便可扎入土层。同时，当菌丝在覆土层内充分繁殖，需及时喷大量的结菇水，以土层表面光亮或稍有积水为宜，促使菌丝由营养生长向生殖生长过渡，4天左右便有大量菇蕾形成，以后管理同常规。