培养基的灭菌是菌种生产成败的关键，未经灭菌的培养基中存在着大量的微生物，常常导致菌种污染，给生产造成损失，目前菇农普遍采用的灭菌方法是常压蒸气灭菌。常压蒸气灭菌的常压灭菌灶用砖砌成，选直径110厘米的铁锅，用砖砌高100厘米、直径120厘米的锅筒，内外用水泥抹光滑。

培养基装入灭菌锅后，用较厚的塑料膜和麻袋片把锅筒口包盖住，用绳子捆绑结实，然后用旺火猛烧，在z短的时间内将锅烧开。待塑料膜鼓气后成馒头状时，说明锅已烧开，灭菌从这时开始计时，要持续8-10小时，确保灭菌彻底，一些菇农往往在灭菌上麻痹大意，因杂菌污染严重导致制种失败。常压灭菌时要做到“三防止”，一要防止中途降温，中途不得不得停火，如锅内达不到100℃，在规定时间内则达不到灭菌的目的。二要防止烧干锅，在灭菌之前锅内要加足水，在灭菌过程中，如果锅内水量不足，要及时从注水口注水。三要防止存在灭菌死角，如锅底着火部位不均，锅筒口处仅从一端漏气等等都可能出现灭菌死角。